Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації
DOI:
https://doi.org/10.15407/ujpe57.10.1024Ключові слова:
-Анотація
Одержано середні за усіма можливими конформерами канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів (молекул 5'-дезоксицитидилової, 5'-тимідилової,
5'-дезоксиаденілової та 5'-дезоксигуанілової кислот) значення ефективних зарядів їхніх атомів та знайдено відповідні середньоквадратичні відхилення. Показано, що зазначені відхилення для атомів вуглецю можуть перевищувати середнє значення їхнього заряду. Проаналізовано можливість відтворення дипольного моменту конформерів за допомогою усереднених атомних зарядів і виявлено, що нехтування залежністю ефективних атомних зарядів від конформації молекули може приводити до похибок модуля дипольного моменту, більших за 100%. Одержані результати можуть бути використані для вдосконалення електростатичних складових існуючих силових полів.
Посилання
O.P. Chepinoga, The Biological Role of Nucleic Acids (Israel Program for Sci. Transl., Jerusalem, 1962).
E. Chargaff, Essays on Nucleic Acids (Elsevier, Amsterdam, 1963).
https://doi.org/10.5962/bhl.title.7312
R.H. Sarma, Nucleic Acid Geometry and Dynamics (Pergamon Press, New York, 1980).
W. Saenger, Principles of Nucleic Acid Structure (Springer, New York, 1984).
https://doi.org/10.1007/978-1-4612-5190-3
Nucleic Acids in Chemistry and Biology, edited by G.M. Blackburn and M.J. Gait (IRL Press, Oxford, 1990).
R.L.P. Adams, J.T. Knowler, and D.P. Leader, The Biochemistry of the Nucleic Acids (Springer, New York, 1992).
https://doi.org/10.1007/978-94-011-2290-0
R.R. Sinden, DNA Structure and Function (Academic Press, San Diego, 1994).
V.A. Bloomfield, D.M. Crothers, and I. Tinoco, Nucleic Acids: Structures, Properties, and Functions (Univ. Science Books, Sausalito, CA, 2000).
S. Neidle, Nucleic Acid Structure and Recognition (Oxford Univ. Press, Oxford, 2002).
The Chemical Biology of Nucleic Acids, edited by G. Mayer (Wiley, Chichester, 2011).
L. Yang and B.M. Pettitt, J. Phys. Chem. 100, 2564 (1996).
https://doi.org/10.1021/jp953080f
A. Perez, F.J. Luque, and M. Orozco, J. Am. Chem. Soc. 129, 14739 (2007).
https://doi.org/10.1021/ja0753546
A. Perez, F. Lankas, F.J. Luque, and M. Orozco, Nucleic Acids Res. 36, 2379 (2008).
https://doi.org/10.1093/nar/gkn082
A.D. Mackerell, J. Comput. Chem. 25, 1584 (2004).
https://doi.org/10.1002/jcc.20082
J.W. Ponder and D.A. Case, Adv. Protein Chem. 66, 27 (2003).
https://doi.org/10.1016/S0065-3233(03)66002-X
J. Sponer, J. Leszczynski, and P. Hobza, J. Phys. Chem. 100, 5590 (1996).
https://doi.org/10.1021/jp953306e
T.Yu. Nikolaienko and D.M. Hovorun, Dopov. Nat. Akad. Nauk Ukr., No. 9, 173 (2010).
T.Yu. Nikolaienko, L.A. Bulavin, and D.M. Hovorun, Ukr. Biokhim. Zh. 82, No. 6, 76 (2010).
T.Yu. Nikolaienko, L.A. Bulavin, and D.M. Hovorun, Ukr. Biokhim. Zh. 83, No. 4, 16 (2011).
T.Yu. Nikolaienko, L.A. Bulavin, and D.M. Hovorun, Biopolym. Cell. 27, 291 (2011).
https://doi.org/10.7124/bc.00010E
F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry (Wiley, New York, 1999).
R.S. Mulliken, J. Chem. Phys. 23, 1833 (1955).
https://doi.org/10.1063/1.1740588
A.E. Reed, R.B. Weinstock, and F. Weinhold, J. Chem. Phys. 83, 735 (1985).
https://doi.org/10.1063/1.449486
D.E. Williams, Rev. Comput. Chem. 2, 219 (1991).
U.C. Singh and P.A. Kollman, J. Comp. Chem. 5, 129 (1984).
https://doi.org/10.1002/jcc.540050204
J. Cioslowski, J. Am. Chem. Soc. 111, 8333 (1989).
https://doi.org/10.1021/ja00204a001
R.F.W. Bader, P.M. Beddall, and P.E. Cade, J. Am. Chem. Soc. 93, 3095 (1971).
https://doi.org/10.1021/ja00742a001
T.Yu. Nikolaienko, L.A. Bulavin, and D.M. Hovorun, Ukr. Bioorg. Acta 9, 3 (2011).
P.J. Stephens, F.J. Devlin, C.F. Chabalowski, and M.J. Frisch, J. Phys. Chem. 98, 11623 (1994).
https://doi.org/10.1021/j100096a001
R.H. Hertwig and W. Koch, Chem. Phys. Lett. 268, 345 (1997).
https://doi.org/10.1016/S0009-2614(97)00207-8
G. Bakalarski, P. Grochowski, J. S. Kwiatkowski et al., Chem. Phys. 204, 301 (1996).
Downloads
Опубліковано
Як цитувати
Номер
Розділ
Ліцензія
Ліцензійний Договір
на використання Твору
м. Київ, Україна
Відповідальний автор та співавтори (надалі іменовані як Автор(и)) статті, яку він (вони) подають до Українського фізичного журналу, (надалі іменована як Твір) з одного боку та Інститут теоретичної фізики імені М.М. Боголюбова НАН України в особі директора (надалі – Видавець) з іншого боку уклали даний Договір про таке:
1. Предмет договору.
Автор(и) надає(ють) Видавцю безоплатно невиключні права на використання Твору (наукового, технічного або іншого характеру) на умовах, визначених цим Договором.
2. Способи використання Твору.
2.1. Автор(и) надає(ють) Видавцю право на використання Твору таким чином:
2.1.1. Використовувати Твір шляхом його видання в Українському фізичному журналі (далі – Видання) мовою оригіналу та в перекладі на англійську (погоджений Автором(ами) і Видавцем примірник Твору, прийнятого до друку, є невід’ємною частиною Ліцензійного договору).
2.1.2. Переробляти, адаптувати або іншим чином змінювати Твір за погодженням з Автором(ами).
2.1.3. Перекладати Твір у випадку, коли Твір викладений іншою мовою, ніж мова, якою передбачена публікація у Виданні.
2.2. Якщо Автор(и) виявить(лять) бажання використовувати Твір в інший спосіб, як то публікувати перекладену версію Твору (окрім випадку, зазначеного в п. 2.1.3 цього Договору); розміщувати повністю або частково в мережі Інтернет; публікувати Твір в інших, у тому числі іноземних, виданнях; включати Твір як складову частину інших збірників, антологій, енциклопедій тощо, то Автор(и) мають отримати на це письмовий дозвіл від Видавця.
3. Територія використання.
Автор(и) надає(ють) Видавцю право на використання Твору способами, зазначеними у п.п. 2.1.1–2.1.3 цього Договору, на території України, а також право на розповсюдження Твору як невід’ємної складової частини Видання на території України та інших країн шляхом передплати, продажу та безоплатної передачі третій стороні.
4. Строк, на який надаються права.
4.1. Договір є чинним з дати підписання та діє протягом усього часу функціонування Видання.
5. Застереження.
5.1. Автор(и) заявляє(ють), що:
– він/вона є автором (співавтором) Твору;
– авторські права на даний Твір не передані іншій стороні;
– даний Твір не був раніше опублікований і не буде опублікований у будь-якому іншому виданні до публікації його Видавцем (див. також п. 2.2);
– Автор(и) не порушив(ли) права інтелектуальної власності інших осіб. Якщо у Творі наведені матеріали інших осіб за виключенням випадків цитування в обсязі, виправданому науковим, інформаційним або критичним характером Твору, використання таких матеріалів здійснене Автором(ами) з дотриманням норм міжнародного законодавства і законодавства України.
6. Реквізити і підписи сторін.
Видавець: Інститут теоретичної фізики імені М.М. Боголюбова НАН України.
Адреса: м. Київ, вул. Метрологічна 14-б.
Автор: Електронний підпис від імені та за погодження всіх співавторів.
.png){kind=small}
