Динаміка перехідних процесів у незворотних кінетичних моделях
DOI:
https://doi.org/10.15407/ujpe57.5.573Ключові слова:
-Анотація
Для опису процесу незворотного зв'язування молекул ліганду і рецептора у розчині побудовано мікроскопічну модель відкритої системи, що взаємодіє із зовнішнім середовищем та зазнає квазікласичних флуктуацій своєї енергії. Отримано аналітичні вирази для ймовірностей переходів між нестаціонарними станами системи, що усереднюються як за рівноважними коливаннями у середовищі, так і за стаціонарними станами у системі. Для незворотної моделі із трьома
кінетичними стадіями знайдено явні залежності констант швидкостей переходів від концентрації ліганду, в'язкості розчину та температури.
Посилання
Y. Jia, D.S. Talaga, W.L. Lau, H.S.M. Lu, W.F. DeGrado, and R.M. Hochstrasser, Chem. Phys. 247, 69 (1999).
https://doi.org/10.1016/S0301-0104(99)00127-5
M. Dahan, A.A. Deniz, T. Ha, D.S. Chemla, P.G. Schultz, and S. Weiss, Chem. Phys. 247, 85 (1999).
https://doi.org/10.1016/S0301-0104(99)00132-9
W.E. Moerner, J. Phys. Chem. B 106, 910 (2002).
https://doi.org/10.1021/jp012992g
M. Orrit, Single Mol. 3, 255 (2002).
https://doi.org/10.1002/1438-5171(200211)3:5/6<255::AID-SIMO255>3.0.CO;2-8
H.P. Lu, L. Xun, and X.S. Xie, Science 282, 1877 (1998).
https://doi.org/10.1126/science.282.5395.1877
P.B. English, W. Min, A.M. van Oijen, K.T. Lee, G. Luo, H. Sun, B.J. Cherail, S.C. Kou, and X.S. Xie, Nat. Chem. Biol. 2, 87, (2006).
https://doi.org/10.1038/nchembio759
J.M. Fernandez and H. Li, Science 303, 1674 (2004).
https://doi.org/10.1126/science.1092497
D.J. Muller and Y.F. Dufrene, Nat. Nanotech. 3, 261 (2008).
P.W. Anderson, J. Phys. Soc. Jpn. 9, 888 (1954).
https://doi.org/10.1143/JPSJ.9.888
R. Kubo, J. Phys. Soc. Jpn. 17, 1100 (1962).
https://doi.org/10.1143/JPSJ.17.1100
I. Oppenheim, K.E. Shuler, and G.H. Weiss, Stochastic Processes in Chemical Physics: The Master Equation (MIT Press, Cambridge, MA,
.
E.G. Petrov and V.I. Teslenko, Teor. Mat. Fiz. 84, 446 (1990).
https://doi.org/10.1007/BF01017358
E.G. Petrov and V.I. Teslenko, Ukr. Fiz. Zh. 35, 1106 (1990).
K. Lindenberg and B.J. West, The Nonequilibrium Statistical Mechanics of Open and Closed Systems (VCH, New York, 1990).
V.M. Kenkre and P. Reineker, Exciton Dynamics in Molecular Crystals and Aggregates (Springer, Berlin, 1982).
https://doi.org/10.1007/BFb0041435
N.G. Van Kampen, Stochastic Processes in Physics and Chemistry (North-Holland, Amsterdam, 1984).
U. Weiss, Quantum Dissipative Systems, Series in Modern Condensed Matter Physics, Vol.2 (World Scientific, Singapore, 1993).
E.G. Petrov, V.I. Teslenko, and I.A. Goychuk, Phys. Rev. E 49, 3894 (1994).
https://doi.org/10.1103/PhysRevE.49.3894
E.G. Petrov, I.A. Goychuk, V.I. Teslenko, and V. May, Physics Lett. A 218, 343 (1996).
https://doi.org/10.1016/0375-9601(96)00429-X
E.G. Petrov, Phys. Rev. E 57, 94 (1998).
https://doi.org/10.1103/PhysRevE.57.94
I. Goychuk and P. Hanggi, Adv. Phys. 54, 525 (2005).
https://doi.org/10.1080/00018730500429701
Y. Jung, E. Barkai, and R.J. Silbey, Adv. Chem. Phys. 123, 119 (2002).
Y.R. Chemla, J.R. Moffitt, and C. Bustamante, J. Phys. Chem. B 112, 6025 (2008).
https://doi.org/10.1021/jp076153r
A.I. Burshtein, Adv. Phys. Chem. 2009, 214219 (2009).
https://doi.org/10.1155/2009/214219
J. Cao and R.J. Silbey, J. Phys. Chem. A 113, 13825 (2009).
https://doi.org/10.1021/jp9032589
E.G. Petrov and V.I. Teslenko, Chem. Phys. 375, 243 (2010).
https://doi.org/10.1016/j.chemphys.2010.05.029
V.I. Teslenko, E.G. Petrov, A. Verkhratsky, and O.A. Krishtal, Phys. Rev. Lett. 104, 178105 (2010).
https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.104.209901
V.A. Benderskii, E.V. Vetoshkin, and E.I. Kats, Zh. Eksp. Teor. Fiz. 124, 259 (2003).
S. Nakajima, Progr. Theor. Phys. 20, 948 (1958).
https://doi.org/10.1143/PTP.20.948
R. Zwanzig, Physica 30, 1109 (1964).
https://doi.org/10.1016/0031-8914(64)90102-8
S.N. Dorogovtsev, A.V. Goltsev, and J.F.F. Mendes, Rev. Mod. Phys. 80, 1275 (2008).
https://doi.org/10.1103/RevModPhys.80.1275
V.I. Teslenko, Ukr. Fiz. Zh. 34, 1748 (1989).
T.G. Lombardo, F.H. Stillinger, and P.G. Debenedetti, Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 106, 15131 (2009).
https://doi.org/10.1073/pnas.0812867106
A. Fersht, Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding (Freeman, New York, 1999).
N.M. Goodey and S.J. Benkovic, Nat. Rev. Chem. Biol. 4, 474 (2008).
https://doi.org/10.1038/nchembio.98
B.M. Rodriguez, D. Sigg, and F. Bezanilla, J. Gen. Physiol. 112, 223 (1998).
https://doi.org/10.1085/jgp.112.2.223
M.E. Peterson, R.M. Daniel, M.J. Danson, and R. Eisenthal, Biochem. J. 402, 331 (2007).
https://doi.org/10.1042/BJ20061143
J.F. Gillooly, J.H. Brown, G.B. West, V.M. Savage, and E.L. Charnov, Science 293, 2248 (2001).
https://doi.org/10.1126/science.1061967
V. Khmyz, O. Maximyuk, V. Teslenko, V. Verkhratsky, and O. Krishtal, Pflugers Arch. Eur. J. Physiol. 456, 339 (2008).
https://doi.org/10.1007/s00424-007-0376-2
A. A. Istratov and O. F. Vyvenko, Rev. Sci. Instrum. 70, 1233 (1999). https://doi.org/10.1063/1.1149581
J. Fisher and T. A. Henzinger, Nat. Biotech. 25, 1239 (2007). https://doi.org/10.1038/nbt1356
A. Raue, C. Kreutz, T. Maiwald, J. Bachmann, M. Schilling, U. Klingmuller, and J. Timmer, Bioinformatics 25, 1923 (2009). https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp358
Downloads
Опубліковано
Як цитувати
Номер
Розділ
Ліцензія
Ліцензійний Договір
на використання Твору
м. Київ, Україна
Відповідальний автор та співавтори (надалі іменовані як Автор(и)) статті, яку він (вони) подають до Українського фізичного журналу, (надалі іменована як Твір) з одного боку та Інститут теоретичної фізики імені М.М. Боголюбова НАН України в особі директора (надалі – Видавець) з іншого боку уклали даний Договір про таке:
1. Предмет договору.
Автор(и) надає(ють) Видавцю безоплатно невиключні права на використання Твору (наукового, технічного або іншого характеру) на умовах, визначених цим Договором.
2. Способи використання Твору.
2.1. Автор(и) надає(ють) Видавцю право на використання Твору таким чином:
2.1.1. Використовувати Твір шляхом його видання в Українському фізичному журналі (далі – Видання) мовою оригіналу та в перекладі на англійську (погоджений Автором(ами) і Видавцем примірник Твору, прийнятого до друку, є невід’ємною частиною Ліцензійного договору).
2.1.2. Переробляти, адаптувати або іншим чином змінювати Твір за погодженням з Автором(ами).
2.1.3. Перекладати Твір у випадку, коли Твір викладений іншою мовою, ніж мова, якою передбачена публікація у Виданні.
2.2. Якщо Автор(и) виявить(лять) бажання використовувати Твір в інший спосіб, як то публікувати перекладену версію Твору (окрім випадку, зазначеного в п. 2.1.3 цього Договору); розміщувати повністю або частково в мережі Інтернет; публікувати Твір в інших, у тому числі іноземних, виданнях; включати Твір як складову частину інших збірників, антологій, енциклопедій тощо, то Автор(и) мають отримати на це письмовий дозвіл від Видавця.
3. Територія використання.
Автор(и) надає(ють) Видавцю право на використання Твору способами, зазначеними у п.п. 2.1.1–2.1.3 цього Договору, на території України, а також право на розповсюдження Твору як невід’ємної складової частини Видання на території України та інших країн шляхом передплати, продажу та безоплатної передачі третій стороні.
4. Строк, на який надаються права.
4.1. Договір є чинним з дати підписання та діє протягом усього часу функціонування Видання.
5. Застереження.
5.1. Автор(и) заявляє(ють), що:
– він/вона є автором (співавтором) Твору;
– авторські права на даний Твір не передані іншій стороні;
– даний Твір не був раніше опублікований і не буде опублікований у будь-якому іншому виданні до публікації його Видавцем (див. також п. 2.2);
– Автор(и) не порушив(ли) права інтелектуальної власності інших осіб. Якщо у Творі наведені матеріали інших осіб за виключенням випадків цитування в обсязі, виправданому науковим, інформаційним або критичним характером Твору, використання таких матеріалів здійснене Автором(ами) з дотриманням норм міжнародного законодавства і законодавства України.
6. Реквізити і підписи сторін.
Видавець: Інститут теоретичної фізики імені М.М. Боголюбова НАН України.
Адреса: м. Київ, вул. Метрологічна 14-б.
Автор: Електронний підпис від імені та за погодження всіх співавторів.
.png){kind=small}
