Спектральні властивості одноланцюгових фрагментів вірусної ДНК

Автор(и)

  • V. Yu. Kudrya Taras Shevchenko National University of Kyiv
  • V. M. Yashchuk Taras Shevchenko National University of Kyiv
  • A. P. Naumenko Taras Shevchenko National University of Kyiv
  • Y. Mely Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies, Faculte de Pharmacie, UMR 7021 CNRS, Universite de Strasbourg
  • T. V. Udod Taras Shevchenko National University of Kyiv, Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies, Faculte de Pharmacie, UMR 7021 CNRS, Universite de Strasbourg
  • Yu. S. Kreminska Taras Shevchenko National University of Kyiv

DOI:

https://doi.org/10.15407/ujpe63.10.912

Ключові слова:

G-quadruplex, primary binding site of HIV-1 genome, DNA, fluorescence, phosphorescence, singlet and triplet electronic excitations

Анотація

Представлено результати дослiджень оптичного поглинання (при 300 К), стацiонарної та роздiленої у часi люмiнесценцiї (при 78 К) олiгонуклеотидiв (–)PBS та (+)PBS. (–)PBS являє собою ДНК-форму дiлянки, що зв’язує праймiс мiнуса (5′GTCCCTGTTCGGGCGCCA3′) генома вiрусу iмунодефiциту людини 1 типу (ВIЛ-1) та (+)PBS (3′CAGGGACAAGCCCGCGGT5′) є його комплементарною послiдовнiстю [1]. Спектри оптичного поглинання (–)PBS та (+)PBS не збiгаються з вiдповiдними еквiмолярними сумами спектрiв нуклеотидiв, що входять до їх складу. Рiзниця мiж ними при 295 нм пов’язана з iснуванням деякого стабiльного комплексу мiж базами (можливо, G-комплексами). Смуги спектрiв флуоресценцiї (–)PBS та (+)PBS є близькими один до одного та до зони олiгону-клеотиду, дослiджуваного нами в [2]. На наш погляд, зони (–)PBS та (+)PBS зв’язанi, можливо, з флуоресценцiєю деяких комплексiв, якi проявляються в поглинаннi. Зони спектра фосфоресценцiї (–)PBS та (+)PBS є близькими один до одного та до смуги dAMP (в дiапазонi довжин хвиль 370–470 нм). Рiзниця мiж (–)PBS/(+)PBS та спектром фосфоресценцiї dAMP (при 530 нм) асоцiюється з невiдомим центром (можливо, G-комплексами). Таким чином, основнi
центри триплетного збудження, що захоплюють (–)PBS та (+)PBS, є А-базами та центрами невiдомої природи.

Посилання

S. Bourbigot, N. Ramalanjaona, C. Boudier, G.F. Salgado, B.P. Roques, Y. Mely, S. Bouaziz, N. Morellet. How the HIV-1 nucleocapsid protein binds and destabilizes the primer binding site during reverse transcription. J. Mol. Biol. 383, 1112 (2008). https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.08.046

M. Sholokh, R. Sharma, D. Shin, R. Das, O.A. Zaporozhets, Y. Tor, Y. Mely. Conquering 2-aminopurine's deficiencies: Highly emissive isomorphic guanosine surrogate faithfully monitors guanosine conformation and dynamics in DNA. J. Am. Chem. Soc. 137(9), 3185 (2015). https://doi.org/10.1021/ja513107r

V. Yashchuk, V. Kudrya, M. Losytskyy, H. Suga, T. Ohul'chanskyy. The nature of the electronic excitations capturing centres in the DNA. J. Mol. Liq. 127 (1–3), 79 (2006). https://doi.org/10.1016/j.molliq.2006.03.020

V.M. Yashchuk, V.Yu. Kudrya, M.Yu. Losytskyy, I.Ya. Dubey, H. Suga. Electronic excitation energy transfer in DNA. Nature of triplet excitations capturing centers Mol. Cryst. Liq. Cryst 467, 311 (2007). https://doi.org/10.1080/15421400701224751

V.Yu. Kudrya, V.M. Yashchuk, I.Ya. Dubey, K.I. Kovalyuk, O.I. Batsmanova, V.I. Mel'nik, G.V. Klishevich, A.P. Naumenko, Yu.M. Kudrya. The spectral properties of the telomere fragments Ukr. J. Phys 61 (6), 516 (2016).

V.M. Yashchuk, V.Yu. Kudrya, I.Ya. Dubey, K.I. Kovalyuk, O.I. Batsmanova, V.I. Mel'nik, G.V. Klishevich. Luminescence of telomeric fragments of DNA macromolecule Mol. Cryst. Liq. Cryst 639, 1 (2016). https://doi.org/10.1080/15421406.2016.1255068

V.M. Yashchuk, V.Yu. Kudrya. The spectral properties of DNA and RNA macromolecules at low temperatures: Fundamental and applied aspects Methods Appl. Fluoresc.5, 014001 (2017). https://doi.org/10.1088/2050-6120/aa50c9

Downloads

Опубліковано

2018-10-31

Як цитувати

Kudrya, V. Y., Yashchuk, V. M., Naumenko, A. P., Mely, Y., Udod, T. V., & Kreminska, Y. S. (2018). Спектральні властивості одноланцюгових фрагментів вірусної ДНК. Український фізичний журнал, 63(10), 912. https://doi.org/10.15407/ujpe63.10.912

Номер

Розділ

Оптика, атоми і молекули