Спектральні властивості одноланцюгових фрагментів вірусної ДНК
DOI:
https://doi.org/10.15407/ujpe63.10.912Ключові слова:
G-quadruplex, primary binding site of HIV-1 genome, DNA, fluorescence, phosphorescence, singlet and triplet electronic excitationsАнотація
Представлено результати дослiджень оптичного поглинання (при 300 К), стацiонарної та роздiленої у часi люмiнесценцiї (при 78 К) олiгонуклеотидiв (–)PBS та (+)PBS. (–)PBS являє собою ДНК-форму дiлянки, що зв’язує праймiс мiнуса (5′GTCCCTGTTCGGGCGCCA3′) генома вiрусу iмунодефiциту людини 1 типу (ВIЛ-1) та (+)PBS (3′CAGGGACAAGCCCGCGGT5′) є його комплементарною послiдовнiстю [1]. Спектри оптичного поглинання (–)PBS та (+)PBS не збiгаються з вiдповiдними еквiмолярними сумами спектрiв нуклеотидiв, що входять до їх складу. Рiзниця мiж ними при 295 нм пов’язана з iснуванням деякого стабiльного комплексу мiж базами (можливо, G-комплексами). Смуги спектрiв флуоресценцiї (–)PBS та (+)PBS є близькими один до одного та до зони олiгону-клеотиду, дослiджуваного нами в [2]. На наш погляд, зони (–)PBS та (+)PBS зв’язанi, можливо, з флуоресценцiєю деяких комплексiв, якi проявляються в поглинаннi. Зони спектра фосфоресценцiї (–)PBS та (+)PBS є близькими один до одного та до смуги dAMP (в дiапазонi довжин хвиль 370–470 нм). Рiзниця мiж (–)PBS/(+)PBS та спектром фосфоресценцiї dAMP (при 530 нм) асоцiюється з невiдомим центром (можливо, G-комплексами). Таким чином, основнi
центри триплетного збудження, що захоплюють (–)PBS та (+)PBS, є А-базами та центрами невiдомої природи.
Посилання
S. Bourbigot, N. Ramalanjaona, C. Boudier, G.F. Salgado, B.P. Roques, Y. Mely, S. Bouaziz, N. Morellet. How the HIV-1 nucleocapsid protein binds and destabilizes the primer binding site during reverse transcription. J. Mol. Biol. 383, 1112 (2008). https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.08.046
M. Sholokh, R. Sharma, D. Shin, R. Das, O.A. Zaporozhets, Y. Tor, Y. Mely. Conquering 2-aminopurine's deficiencies: Highly emissive isomorphic guanosine surrogate faithfully monitors guanosine conformation and dynamics in DNA. J. Am. Chem. Soc. 137(9), 3185 (2015). https://doi.org/10.1021/ja513107r
V. Yashchuk, V. Kudrya, M. Losytskyy, H. Suga, T. Ohul'chanskyy. The nature of the electronic excitations capturing centres in the DNA. J. Mol. Liq. 127 (1–3), 79 (2006). https://doi.org/10.1016/j.molliq.2006.03.020
V.M. Yashchuk, V.Yu. Kudrya, M.Yu. Losytskyy, I.Ya. Dubey, H. Suga. Electronic excitation energy transfer in DNA. Nature of triplet excitations capturing centers Mol. Cryst. Liq. Cryst 467, 311 (2007). https://doi.org/10.1080/15421400701224751
V.Yu. Kudrya, V.M. Yashchuk, I.Ya. Dubey, K.I. Kovalyuk, O.I. Batsmanova, V.I. Mel'nik, G.V. Klishevich, A.P. Naumenko, Yu.M. Kudrya. The spectral properties of the telomere fragments Ukr. J. Phys 61 (6), 516 (2016).
V.M. Yashchuk, V.Yu. Kudrya, I.Ya. Dubey, K.I. Kovalyuk, O.I. Batsmanova, V.I. Mel'nik, G.V. Klishevich. Luminescence of telomeric fragments of DNA macromolecule Mol. Cryst. Liq. Cryst 639, 1 (2016). https://doi.org/10.1080/15421406.2016.1255068
V.M. Yashchuk, V.Yu. Kudrya. The spectral properties of DNA and RNA macromolecules at low temperatures: Fundamental and applied aspects Methods Appl. Fluoresc.5, 014001 (2017). https://doi.org/10.1088/2050-6120/aa50c9
Downloads
Опубліковано
Як цитувати
Номер
Розділ
Ліцензія
Ліцензійний Договір
на використання Твору
м. Київ, Україна
Відповідальний автор та співавтори (надалі іменовані як Автор(и)) статті, яку він (вони) подають до Українського фізичного журналу, (надалі іменована як Твір) з одного боку та Інститут теоретичної фізики імені М.М. Боголюбова НАН України в особі директора (надалі – Видавець) з іншого боку уклали даний Договір про таке:
1. Предмет договору.
Автор(и) надає(ють) Видавцю безоплатно невиключні права на використання Твору (наукового, технічного або іншого характеру) на умовах, визначених цим Договором.
2. Способи використання Твору.
2.1. Автор(и) надає(ють) Видавцю право на використання Твору таким чином:
2.1.1. Використовувати Твір шляхом його видання в Українському фізичному журналі (далі – Видання) мовою оригіналу та в перекладі на англійську (погоджений Автором(ами) і Видавцем примірник Твору, прийнятого до друку, є невід’ємною частиною Ліцензійного договору).
2.1.2. Переробляти, адаптувати або іншим чином змінювати Твір за погодженням з Автором(ами).
2.1.3. Перекладати Твір у випадку, коли Твір викладений іншою мовою, ніж мова, якою передбачена публікація у Виданні.
2.2. Якщо Автор(и) виявить(лять) бажання використовувати Твір в інший спосіб, як то публікувати перекладену версію Твору (окрім випадку, зазначеного в п. 2.1.3 цього Договору); розміщувати повністю або частково в мережі Інтернет; публікувати Твір в інших, у тому числі іноземних, виданнях; включати Твір як складову частину інших збірників, антологій, енциклопедій тощо, то Автор(и) мають отримати на це письмовий дозвіл від Видавця.
3. Територія використання.
Автор(и) надає(ють) Видавцю право на використання Твору способами, зазначеними у п.п. 2.1.1–2.1.3 цього Договору, на території України, а також право на розповсюдження Твору як невід’ємної складової частини Видання на території України та інших країн шляхом передплати, продажу та безоплатної передачі третій стороні.
4. Строк, на який надаються права.
4.1. Договір є чинним з дати підписання та діє протягом усього часу функціонування Видання.
5. Застереження.
5.1. Автор(и) заявляє(ють), що:
– він/вона є автором (співавтором) Твору;
– авторські права на даний Твір не передані іншій стороні;
– даний Твір не був раніше опублікований і не буде опублікований у будь-якому іншому виданні до публікації його Видавцем (див. також п. 2.2);
– Автор(и) не порушив(ли) права інтелектуальної власності інших осіб. Якщо у Творі наведені матеріали інших осіб за виключенням випадків цитування в обсязі, виправданому науковим, інформаційним або критичним характером Твору, використання таких матеріалів здійснене Автором(ами) з дотриманням норм міжнародного законодавства і законодавства України.
6. Реквізити і підписи сторін.
Видавець: Інститут теоретичної фізики імені М.М. Боголюбова НАН України.
Адреса: м. Київ, вул. Метрологічна 14-б.
Автор: Електронний підпис від імені та за погодження всіх співавторів.
.png){kind=small}
