Непрямі свідоцтва конформаційної регуляції у реакціях білків: як багато можна дізнатися?
DOI:
https://doi.org/10.15407/ujpe57.7.746Ключові слова:
-Анотація
Майже всі реакції білків демонструють відхилення від простої поведінки в межах стандартної (біо)хімічної кінетики. Це зумовлено виключною структурною лабільністю білкових макромолекул, зазвичай не менш важливою для ефективності реакції, ніж властивості активного центру. Розкриття механізмів структурної регуляції наштовхується на значні труднощі з огляду на їхній прихований характер, оскільки сучасні
експериментальні та обчислювальні засоби ще далеко не достатні для одночасного моніторинга перебігу реакції та супутніх конформаційних
змін, сліди яких доводиться розшифровувати тільки з кінетики реакції. Тим не менш, можливо дійти до надійних висновків щодо функціонування білків та характеру їхньої структурної релаксації за допомогою зручного та обчислювально доступного підходу, що викладається в даній роботі.
Посилання
M. Karplus, J. Phys. Chem. B 104, 11 (2000).
https://doi.org/10.1021/jp993555t
C. Anfinsen, Science 181, 223 (1973).
https://doi.org/10.1126/science.181.4096.223
R.H. Austin, K. Beeson, L. Eisenstein, H. Frauenfelder, I.C. Gunsalus, and V.P. Marshall, Phys. Rev. Lett. 32, 403 (1974).
https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.32.403
G. Weber, Adv. Prot. Chem. 29, 1 (1975).
https://doi.org/10.1016/S0065-3233(08)60410-6
H. Frauenfelder, G. Chen, J. Berendzen, P.W. Fenimore, H. Jansson, B.H. McMahon, I.R. Stroe, J. Swenson, and R.D. Young, PNAS USA 106, 5129 (2009).
https://doi.org/10.1073/pnas.0900336106
R. Laughlin and D. Pines, PNAS USA 97, 28 (2000).
https://doi.org/10.1073/pnas.97.1.28
C. Jelsch, M.M. Teeter, V. Lamzin, V. Pichon-Pesme, R.H. Messing, and C. Lecomte, PNAS USA 97, 3171 (2000).
https://doi.org/10.1073/pnas.97.7.3171
R.D. Young and P.W. Fenimore, Biochim. Biophys. Acta 1814, 916 (2011).
https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2011.05.005
A.A. Deniz, S. Mukhopadhyay, and E. Lemke, J. R. Soc. Interface 5, 15 (2008).
https://doi.org/10.1098/rsif.2007.1021
N. Agmon and J.J. Hopfield, J. Chem. Phys. 78, 6947 (1983).
https://doi.org/10.1063/1.444643
M.Y. Okamura and G. Feher, Ann. Rev. Biochem. 61, 861 (1992).
https://doi.org/10.1146/annurev.bi.61.070192.004241
M.R. Gunner, Curr. Topics Bioenerg. 16, 319 (1991).
https://doi.org/10.1016/B978-0-12-152516-3.50010-3
L.N. Christophorov, Phys. Lett. A 205, 14 (1995).
https://doi.org/10.1016/0375-9601(95)00462-C
L.N. Christophorov, Dopov. Nats. Akad. Nauk Ukr. 12, 96 (1998).
L.N. Christophorov, A.R. Holzwarth, V.N. Kharkyanen, and F. van Mourik, Chem. Phys. 256, 45 (2000).
https://doi.org/10.1016/S0301-0104(00)00089-6
N. Agmon, J. Phys. Chem. B 104, 7830 (2000).
https://doi.org/10.1021/jp0012911
L.N. Christophorov and V.N. Kharkyanen, Chem. Phys. Res. J. 1, 1 (2007).
G.A. Abgaryan, L.N. Christophorov, A.O. Goushcha, A.R. Holzwarth, V.N. Kharkyanen, P.P. Knox, and E.P. Lukashev, J. Biol. Phys. 24, 1 (1998).
https://doi.org/10.1023/A:1005039023702
Yu.M. Barabash, N.M. Berezetskaya, L.N. Christophorov, A.O. Goushcha, and V.N. Kharkyanen, J. Chem. Phys. 116, 4339 (2002).
https://doi.org/10.1063/1.1447906
A.O. Goushcha, A.J. Manzo, G.W. Scott, L.N. Christophorov, P.P. Knox, Yu.M. Barabash, M.T. Kapoustina, N.M. Berezetska, and V.N. Kharkyanen, Biophys. J. 84, 1146 (2003).
https://doi.org/10.1016/S0006-3495(03)74930-3
E.P. Lukashev, P.P. Knox, A.B. Rubin, M.V. Olenchuk, Yu.M. Barabash, N.M. Berezetskaya, and V.N. Kharkyanen, Biofiz. 54, 296 (2009).
https://doi.org/10.1134/S0006350909030051
V.N. Kharkyanen, Yu.Ì. Barabash, N.Ì. Berezetskaya, E.P. Lukashev, P.P. Knox, and L.N. Christophorov, Chem. Phys. Lett. 512, 113 (2011).
https://doi.org/10.1016/j.cplett.2011.07.006
L.N. Christophorov, Int. J. Quant. Chem. 110, 62 (2010).
https://doi.org/10.1002/qua.22246
H. Frauenfelder, P.G. Wolynes, and R.H. Austin, Rev. Mod. Phys. 71, S419 (1999).
https://doi.org/10.1103/RevModPhys.71.S419
D.E. Koshland, jr., PNAS USA 44, 98 (1958).
https://doi.org/10.1073/pnas.44.2.98
J. Ricard and A. Cornish-Bowden, Eur. J. Biochem. 166, 255 (1987).
https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1987.tb13510.x
X.S. Xie and H.P. Lu, J. Biol. Chem. 274, 15967 (1999).
https://doi.org/10.1074/jbc.274.23.15967
H.P. Lu, L. Xun, and X.S. Xie, Science 282, 1877 (1998).
https://doi.org/10.1126/science.282.5395.1877
G.K. Schenter, H.P. Lu, and X.S. Xie, J. Phys. Chem. A 103, 10477 (1999).
https://doi.org/10.1021/jp992324j
S. Young and J. Cao, J. Chem. Phys. 117, 10996 (2002).
https://doi.org/10.1063/1.1521155
L.N. Christophorov, A.R. Holzwarth, and V.N. Kharkyanen, Ukr. J. Phys. 48, 672 (2003).
D. Kleinfeld, M.Y. Okamura, and G. Feher, Biochemistry 23, 5780 (1984).
https://doi.org/10.1021/bi00319a017
Yu.F. Krupyanskii and V.I. Gol'danskii, Physics-Uspekhi 45, 1131 (2002).
Downloads
Опубліковано
Як цитувати
Номер
Розділ
Ліцензія
Ліцензійний Договір
на використання Твору
м. Київ, Україна
Відповідальний автор та співавтори (надалі іменовані як Автор(и)) статті, яку він (вони) подають до Українського фізичного журналу, (надалі іменована як Твір) з одного боку та Інститут теоретичної фізики імені М.М. Боголюбова НАН України в особі директора (надалі – Видавець) з іншого боку уклали даний Договір про таке:
1. Предмет договору.
Автор(и) надає(ють) Видавцю безоплатно невиключні права на використання Твору (наукового, технічного або іншого характеру) на умовах, визначених цим Договором.
2. Способи використання Твору.
2.1. Автор(и) надає(ють) Видавцю право на використання Твору таким чином:
2.1.1. Використовувати Твір шляхом його видання в Українському фізичному журналі (далі – Видання) мовою оригіналу та в перекладі на англійську (погоджений Автором(ами) і Видавцем примірник Твору, прийнятого до друку, є невід’ємною частиною Ліцензійного договору).
2.1.2. Переробляти, адаптувати або іншим чином змінювати Твір за погодженням з Автором(ами).
2.1.3. Перекладати Твір у випадку, коли Твір викладений іншою мовою, ніж мова, якою передбачена публікація у Виданні.
2.2. Якщо Автор(и) виявить(лять) бажання використовувати Твір в інший спосіб, як то публікувати перекладену версію Твору (окрім випадку, зазначеного в п. 2.1.3 цього Договору); розміщувати повністю або частково в мережі Інтернет; публікувати Твір в інших, у тому числі іноземних, виданнях; включати Твір як складову частину інших збірників, антологій, енциклопедій тощо, то Автор(и) мають отримати на це письмовий дозвіл від Видавця.
3. Територія використання.
Автор(и) надає(ють) Видавцю право на використання Твору способами, зазначеними у п.п. 2.1.1–2.1.3 цього Договору, на території України, а також право на розповсюдження Твору як невід’ємної складової частини Видання на території України та інших країн шляхом передплати, продажу та безоплатної передачі третій стороні.
4. Строк, на який надаються права.
4.1. Договір є чинним з дати підписання та діє протягом усього часу функціонування Видання.
5. Застереження.
5.1. Автор(и) заявляє(ють), що:
– він/вона є автором (співавтором) Твору;
– авторські права на даний Твір не передані іншій стороні;
– даний Твір не був раніше опублікований і не буде опублікований у будь-якому іншому виданні до публікації його Видавцем (див. також п. 2.2);
– Автор(и) не порушив(ли) права інтелектуальної власності інших осіб. Якщо у Творі наведені матеріали інших осіб за виключенням випадків цитування в обсязі, виправданому науковим, інформаційним або критичним характером Твору, використання таких матеріалів здійснене Автором(ами) з дотриманням норм міжнародного законодавства і законодавства України.
6. Реквізити і підписи сторін.
Видавець: Інститут теоретичної фізики імені М.М. Боголюбова НАН України.
Адреса: м. Київ, вул. Метрологічна 14-б.
Автор: Електронний підпис від імені та за погодження всіх співавторів.
.png){kind=small}
